ファイルシステムNTFSは、オペレーティングシステムWindows NT以降で使用することができます。NTFS は、ツリーサイズ にも影響するいくつかの特別な機能を提供します。以下の段落で、これらの機能のいくつかと、このソフトウェアへの影響について説明する。
アクセス制御リスト
ユーザーがファイルやフォルダにアクセスする方法を制限することができる。他のユーザーやグループに、読み取り、書き込み、実行、削除などの特定の権限を付与したり、拒否したりすることができます。これにより、管理者のファイルやフォルダへのアクセスを拒否することもできる。Windowsエクスプローラで、所有者が他のユーザーの読み取りを拒否したフォルダに管理者がアクセスしようとすると、「アクセス拒否」のエラーメッセージが表示される。しかし、ツリーサイズ 、管理者またはバックアップを実行する権利を持つユーザーとしてログインしている場合、そのようなフォルダをスキャンすることができます（このオプションは、「コントロールパネル > 管理ツール > ローカルセキュリティポリシー」およびWindowsのユーザーエディタで変更できます）。
ファイルベースの圧縮
NTFSはファイル単位での圧縮をサポートしています。NTFSボリューム上で圧縮されたファイルは、他のプログラムによって最初に解凍されることなく、読み書きできます。解凍は、ファイルの読み取り中に自動的かつ透過的に行われます。ファイルは保存時に再び圧縮されます。
圧縮されたファイルが占める領域は、通常、通常のサイズよりもはるかに小さくなります。その結果、部分的または完全に圧縮されたフォルダの場合、ツリーサイズ によって報告される割り当て容量は、このフォルダについて報告されるサイズよりも小さくなることがあります。ツリーサイズ は、「詳細」タブの余分な列に圧縮率を表示することができます。さらに、圧縮されたファイルやフォルダを別の色で表示することもできます。これらの機能は、オプションダイアログでオンまたはオフにすることができます。
ツリーサイズ は、コンテキストメニューを使用して、ファイルシステムのブランチ全体を圧縮および解凍することができます。
Windows 10では、マイクロソフトはNTFSに新しい透過的な圧縮機能を導入し、オペレーティングシステムのファイル（主にDLLとEXEファイル）をコンパクトにするように設計されています。従来のファイルベースの圧縮とは対照的に、これらのファイルはファイル属性で圧縮済みであることを示すフラグが付けられません。
疎なファイル
サイズは大きいが部分的にしか使用されていないファイルは、スパースファイルと呼ばれます。オペレーティングシステムはスパースファイルの未使用部分にディスク領域を割り当てないため、実際のサイズよりも少ないディスク領域しか占有しません。ツリーサイズ 、スパースファイルは圧縮ファイルと同様に扱われ、圧縮率も計算されます。
リパースポイント：ボリュームマウントポイントとシンボリックリンク
ボリューム・マウント・ポイントは、別のボリュームを「マウント」する既存のパスです。これにより、ユーザーやアプリケーションは、マウントされたボリュームをそのパスで参照することができます。このボリュームにドライブ文字を割り当てる必要はない。これにより、複数のファイルシステムを1つの論理ファイルシステムに統一することができる。例えば空のフォルダ "C:˶DocumentsImages "があれば、"E:˶Pics "へのシンボリックリンクを作成できます。すると、アプリケーションは "C:˶Documents˶Images "内の "E:˶Pics "の内容を見るようになります。NTFSジャンクションポイントとは異なり、シンボリックリンクはファイルやリモートSMBネットワークパスを指すこともできます。
マウントポイントとシンボリックリンクに従う"オプションがオンになっている場合、ツリーサイズ 、スキャン時にこれらのフォルダの内容が含まれます。これらのフォルダはスキャン対象のドライブに物理的に保存されていないため、ドライブの合計サイズよりも大きな割り当て領域の結果が得られる場合があります。
代替データストリーム（ADS）
NTFSでは、ファイルは異なるデータストリームで構成されます。1つのストリームはセキュリティ情報（アクセス権など）を保持し、もう1つのストリームはファイルに含まれる「実際のデータ」を保持します。標準データ・ストリームと同じようにデータを保持する代替データ・ストリームが存在する場合もある。これらの代替データ・ストリームは隠されている。つまり、公式のメイン・データ・ストリームに1バイト、1つまたは複数の代替データ・ストリームに数百MBのデータを持つファイルを持つことができる。dirコマンド、ファイルマネージャー、ウィンドウズ・エクスプローラーは、このファイルのサイズとして1バイトを表示しますが、実際にはハードディスク・ドライブにもっと大きなスペースを割り当てています。
ツリーサイズ は代替データストリームを検出し、そのサイズを割り当てられたファイルサイズに追加します。注意：ADSは、メイン・データ・ストリームと同じクラスタに情報を格納することがあります。したがって、ファイルに1つ以上のADSがある場合、このファイルは必ずしもより多くのディスク領域を割り当てるわけではありません。
より正確なディレクトリブランチの割り当て容量を得るために、ツリーサイズ オプションダイアログで代替データストリームを検出するかどうかを選択できます。ADS へのクエリには時間がかかり、スキャンに必要な全体時間が長くなるため、このオプションはデフォルトでは無効になっています。ツリーサイズ のカスタムファイル検索を使用して、代替データストリームを含むファイルを検索できます。
ハードリンク
Windows環境では、ハードリンクはNTFSストレージ・ボリューム上の物理データへの参照（ポインタ）です。名前付きファイルはすべてハードリンクです。ファイルに関連付けられた名前は、オペレーティング・システムが実際のデータを参照するためのラベルにすぎません。NTFSボリュームでは、同じデータに複数の名前を関連付けることができます。異なる名前で呼ばれていても、変更が加えられると、後でそのファイルがどのように呼ばれるかに関係なく、実際のデータに影響します。ハードリンクは、同じファイルシステム上に存在するデータのみを参照できる。データは、それを指すリンクが少なくとも1つ存在する限りアクセス可能である。最後のリンクが削除されると、その領域は空き領域とみなされる。同じファイルを指すすべてのハードリンクは、同じセキュリティ記述子（アクセス許可）を共有することに注意してください。
ハードリンクを作成するには、ユーザーはそれぞれのフォルダブランチおよびドライブがローカルドライブでない場合は共有上のファイル属性に対する書き込み権限を持っている必要があります。
複数のハードリンクがファイルのデータを指している場合、ハードリンクがいくつ存在しても、スペースはこれらのファイルによって 1 回だけ割り当てられます。オプション]ダイアログで、ツリーサイズ にハードリンクを検出するように指示すると、ディレクトリブランチのより正確な割り当て領域を得ることができます。ハードリンクのクエリには時間がかかり、スキャンに必要な全体時間が長くなるため、このオプションはデフォルトでは無効になっています。
自動データ重複排除
Windows Server 2012以降では、データ重複排除機能が提供されている：データ重複排除は、コンテンツが部分的に等しいファイルをいわゆる「チャンク」にセグメント化し、対応するNTFSパーティションにあるサブフォルダ「System Volume Informaton㊦ChunkStore㊦」に移動する。Windowsによって重複排除が適用されると、元のデータはChunkStoreディレクトリ内の対応するチャンクへのポインタに置き換えられる。NTFS 重複排除によって 2 つの同じファイルが重複排除された後は、以前の半分のディスク容量しか 必要としなくなる。元のファイルにはデータの代わりに小さなポインタしか含まれなくなったため、割り当てられたディスク領域は Windows によって以前よりもずっと小さな値で表示される（2 つの同じファイルに対して、占有ディスク領域は「0 バイト」と表示される）。ツリーサイズ 、元のファイルやフォルダのサイズを表示するには、表示モードを「割り当て領域」から「サイズ」に切り替えるだけです。ツリーサイズ に表示される「割り当て容量」は、対応するファイルを削除した場合に得られるディスク容量である。
オフラインファイル
Windows Serverやいくつかのサードパーティ製ツールやアプライアンスは、「オフラインファイル」と呼ばれる機能を提供している：長期間使用されていないファイルは、より安価で低速なストレージに自動的に移動され、小さなスタブファイルが元の場所に残ります。通常、ツリーサイズ は、このようなスタブ・ファイルの割り当て容量を正しく報告するが、それは多くの場合、ファイル・システム・クラスタ1つ分のサイズに過ぎない。
しかし、スタブファイルの割り当て領域が正しく報告されない場合がある。ツリーサイズ が Access Denied エラーに遭遇した場合、バックアップ・ソフトウェア用の Windows API 関数を使用して、ファイル・システムのこれらの部分もスキャンし、そのサイズと割り当て領域の値を提供します。この場合、スタブ・ファイルの割り当て領域としてフル・ファイル・サイズを報告するアプライアンスをいくつか見かけました。これを避けるには、スキャンを実行するユーザーがスキャンされたファイルシステムへの完全な読み取りアクセス権を持っていることを確認してください。